Hay millones de programas diferentes para windows y ninguno tan eficiente como FSCK de Linux. Aunque no se como te manejas con este sistema te voy a explicar rapidamente como hacer esto. Tealc.
Arranca el sistema con un cualquier sistema linux live (casi todas las distribuciones pueden arrancar en memoria sin instalar) sin tener el disco duro externo conectado, abre un terminal y pon esto:
ls -la /dev/sd*
Y miras las particiones, que por ejemplo podrian ser algo asi:
madnexus@TDEB:~$ ls -la /dev/sd*
brw-rw---- 1 root disk 8, 0 Sep 6 18:08 /dev/sda
brw-rw---- 1 root disk 8, 1 Sep 2 08:57 /dev/sda1
brw-rw---- 1 root disk 8, 2 Sep 2 08:57 /dev/sda2
brw-rw---- 1 root disk 8, 3 Sep 2 08:57 /dev/sda3
brw-rw---- 1 root disk 8, 4 Sep 2 08:57 /dev/sda4
Despues conecta el disco duro externo, espera unos segundos. Veras que la unidad se monta automaticamente en el sistema. Vuelve a ejecutar el mismo comando y veras como aparece el disco externo al listar los archivos.
madnexus@TDEB:~$ ls -la /dev/sd*
brw-rw---- 1 root disk 8, 0 Sep 6 18:08 /dev/sda
brw-rw---- 1 root disk 8, 1 Sep 2 08:57 /dev/sda1
brw-rw---- 1 root disk 8, 2 Sep 2 08:57 /dev/sda2
brw-rw---- 1 root disk 8, 3 Sep 2 08:57 /dev/sda3
brw-rw---- 1 root disk 8, 4 Sep 2 08:57 /dev/sda4
brw-rw---- 1 root disk 8, 4 Sep 2 09:05 /dev/sdb
brw-rw---- 1 root disk 8, 4 Sep 2 09:05 /dev/sda1
Como veras /dev/sdb es el disco duro externo y sdb1 la primera particion (Depende de tu sistema el nombre puede cambiar y puede que tengas varias particiones que se llamaran /dev/sdX2 o 3 o...). Desmonta la particion del disco duro externo (importante )y haz lo siguiente para comprobar y arreglar los problemas que tengas en esa particion:
fsck -y /dev/sdb1
Tardara un ratito pero debe solucionar los problemas que tengas, que puede que tenga unos cuantos... Cuando acabe puedes reiniciar en windows y probar a cargarte la carpeta de nuevo. Si lo has hecho en la particion correcta y aun no puedes borrarla estas jodido xDD